Посмотрите пож вот эту ветку.
Ставка НДС при международных перевозках в случае, если услуги оказаны агентом (принципал нерезидент)тут очень подробно описан как раз Ваш случай.
Экспедиторы работают по двум схемам
1.Вариант.
-агентское вознаграждение -отдельной строкой Ваша выручка- место реализации
территория РФ-ставка либо 18% либо0% (зависит от договора но у Вас ТЭК , так что 0%)
-все услуги, которые закупались для этой перевозки
переставляются клиенту. -место реализации
НЕ территория РФ(проходят через Вас транзитом)-ставка без НДС
обоснование.
Статья 148. Место реализации работ (услуг)
1. В целях настоящей главы местом реализации работ (услуг) признается территория Российской Федерации, если:
...
4.1) услуги по перевозке и (или) транспортировке, а также услуги (работы), непосредственно связанные с перевозкой и (или) транспортировкой ..., оказываются (выполняются)
российскими организациями или индивидуальными предпринимателями в случае, если пункт отправления и (или) пункт назначения находятся на территории Российской Федерации,
либо иностранными лицами, не состоящими на учете в налоговых органах в качестве налогоплательщиков, в случае, если пункты отправления и назначения находятся на территории Российской Федерации ...
...
1.1. ... в целях настоящей главы местом реализации работ (услуг) не признается территория Российской Федерации, если:
...
5) услуги по перевозке (транспортировке) и услуги (работы), непосредственно связанные с перевозкой, транспортировкой, фрахтованием, не перечислены в подпунктах 4.1 - 4.3 пункта 1 настоящей статьи.
2.Вариант
это Ваш, Вы полностью выставляете все от своего имени, а в расходы берете себе на затраты (это ваш расход) и Не перевыставляете услуги иностранных лиц.
То есть покупают у вас услуги от Российского контрагента. А значит если пункт отправление за границей а пункт назначения на территории РФ и договор ТЭК то ставка 0%.
И Вы действительно правы агентом по ндс Вы являться не будете при покупке у иностранца в силу опять той же статьи 148 нк РФ.